日本調剤株式会社の連結会計年度における業績は、売上高3605億1200万円（前期比5.9％増）、営業利益62億3900万円（前期比31.8％減）、経常利益69億1500万円（前期比26.7％減）、親会社株主に帰属する当期純利益は13億9100万円（前期比45.5％減）となった。

調剤薬局事業に関しての詳細は記載されていないものの、2025年3月期当連結会計年度の業績は、調剤薬局事業における処方箋枚数の増加及びグループ全社を挙げたコスト抑制の取り組み等が寄与した一方、同事業の一部店舗において減損損失を計上したこと、及び医薬品製造販売事業において長生堂製薬株式会社の川内工場における製造管理上の不備による影響が継続した。

同期間においては、新規出店38店舗、閉店21店舗を実施し、全国の店舗数は計753店舗となった。ジェネリック医薬品の数量ベース使用割合は全社平均で93.3％に達しており、在宅医療を年間24件以上実施している店舗の割合は94.9％となっている。